vhdl写的pci配置寄存器下载与计算机检测顺序

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大家过节好！！！
   用vhdl写的pci接口程序，用编程线下载到板卡上，这样就得等计算机启动以后才能下载。但是计算机不是要在启动时检测硬件的接口和需要多少存储器空间，等计算机已经检测完了，我的程序才下载进去，这样好像不行啊？做过这方面的兄弟们请讲讲你们是怎么解决的，或者我的理解有错还请各位指点。